O principal centro de investigação arqueológica de Portugal, com peças provenientes de todo o país. Na entrada do museu encontram-se estátuas de granito, de mais de 2 metros de altura, provenientes do norte de Portugal e que representam Guerreiros Calaico-Lusitanos do século I dC. As exposições permanentes dividem-se em Antiguidades Egípcias, com peças que cobrem cinco mil anos de história e incluem sarcófagos e diversas estátuas, com notáveis peças de ourivesaria da Idade do Bronze à Idade do Ferro.